民俗学を専攻する男子大学生、ギギストは、卒論のテーマとして『卯乃見村』の奇祭を選ぶ。
卯乃見村は、古くからの因習と霧に包まれた神秘的な雰囲気で知られている。
ギギストは、奇祭の詳細を調査するために村を訪れるが、そこで次々と奇妙な出来事に巻き込まれていく。

ギギストは、大学の図書館で卯乃見村の奇祭についての古い文献を見つける。
その文献には、奇祭が行われる夜に村人が神秘的な儀式を行い、霧が濃くなるとともに何かが起こると記されていた。

ギギストは卯乃見村に到着し、村の住民たちから話を聞く。
しかし、村人たちは奇祭について話すことを避け、何かを隠している様子。
ギギストは、村の外れにある古い神社で奇祭の準備が進められていることを知る。
そこで、彼は少女と出会う。
少女は村の秘密を知っているが、何かを恐れている様子。

奇祭の夜、ギギストは神社に忍び込み、儀式を目撃する。
村人たちは奇妙な踊りを踊り、霧が濃くなる中で何かを祈っている。
突然、ギギストは背後に冷たい視線を感じ、振り返ると謎の影が彼らを見つめていた。
影を追ったギギストは、村の外れに住む猟師の老人と出会う。
老人は彼に助言を与える。

ギギストは少女を連れて村から逃げ出そうとするが、霧が濃くなり道が見えなくなる。
彼らは村の中で迷い、次々と奇妙な現象に遭遇し、ギギストは少女と離れ離れになる。
しかし再び猟師の老人と出会い、彼から村の秘密を聞く。
奇祭は、霧の中に潜む『何か』を復活させるためのものであることが明らかになる。

ギギストは、村の秘密を知り、奇祭の儀式を阻止し少女を助けるために自らの命を賭ける決意をする。
彼は村人たちと戦いながらも、儀式を止めるために奮闘する。
その『何か』は、土着信仰に登場する古の神々の一柱であり、ギギストはその存在に立ち向かう。

ギギストが儀式の妨害をしようとする中、猟師の老人は村人たちに捕まり、古の神の怒りを受ける。
老人はギギストに向かって「行け、若者よ！この村の運命はもう決まっている」と叫び、最後の力を振り絞って村人たちと戦う。
ギギストは老人の犠牲を胸に刻み、神社を目指す。

ギギストは、儀式の最中に古の神に捧げられそうになる少女を発見する。
彼は少女を救い出すために、邪魔する村人たちと戦い傷付きながらも儀式を阻止する。
最終的に、ギギストは少女を救い出し、古の神の復活を阻止することに成功する。

しかし、古の神の怒りにより、卯乃見村は消滅し、少女も霧と共に消えていく。
消えた村の跡地に、ギギストは立ち尽くす。
ギギストは現実の世界に戻るが、言いようのない根源的な恐怖に苛まれ続ける。
彼の心には、卯乃見村での出来事が深く刻まれ、日常の中でふとした瞬間にその恐怖が蘇るのだった。